近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……...

永远的“6时59分”开始了——在佑河家有着代代相传的止界术使用止界术，能够进入森罗万象尽数停止的“止界”某天，主人公树里的外甥和哥哥，被诱拐犯绑架了。她为了救出他们而不得已使用了“止界术”，却遭到不应存在于那里的、除自己以外的“会动的”人类袭击。他们是尊崇止界术的「真纯实爱会」。围绕着使用止界术时所必需的“石头”，止界之谜、佑河家之谜逐渐浮出水面…...